Самые ранние известные окаменелости рептилий датируются Верхним Каменноугольным периодом, приблизительно 270 миллионов лет назад, но к этому времени несколько из рептильных отрядов уже существовали, включая и anapsid cotylosaurs и synapsid pelycosaurs. Обнаружение окаменелостей дает возможность предположить, что развитие рептилий началось намного ранее, чем 270 миллионов лет назад. Однако судить о том, как развивались рептилии, мы можем только по очень хорошо сохранившимся окаменелостям.
Другая область в изучении воспроизводства рептилии — это яйца и репродуктивный процесс. Яйцо рептилий являются macrolecithal (содержат много желтка), и окружены твердой скорлупой у черепах, крокодиловых, и геконов, и мягкой или подобной пергаменту скорлупой у других разновидностей. В любом случае яйцо требует, чтобы оплодотворение произошло до формирования скорлупы. Это означает, что оплодотворение должно происходить в пределах тела самки (то есть, в ее маточных трубах), а не внешне как типично для рыб и амфибий. Следовательно, большинство самцов рептилий обладают копуляторными органами, которые вносят сперму в клоаку самки. Из клоаки сперматозоиды мигрируют в маточные трубы, оплодотворяя яйца.
Маточные трубы некоторых самок рептилий способны к хранению спермы в жизнеспособном состоянии в течение многих месяцев или даже лет. У некоторых черепах и змей, оплодотворение может произойти спустя три года после акта оплодотворения. Теоретически, у самок нет потребности в ежегодном спаривании, и они могут, однако, производить потомство каждый год, используя сперму, сохраненную от более раннего спаривания. Яйца макролецитальные и позволяют эмбрионам заканчивать развитие в пределах яйца или в пределах тела матери в случае живорождения, таким образом, новорождённый — по существу представляет собой миниатюрную версию своих родителей, а не личинка, которая должна закончить развитие во время начального периода жизни, как распространено среди амфибий.